面对如此坚固的城池，对方火炮的射程甚至超过了明军的榴弹炮，怎么去攻克呢？
如果是其他国家来攻打巴达维亚，那十万人马还真不够看，就算是葡萄牙甚至是西班牙来了都一样，唯独大明帝国前来攻打才有希望拿下来。
为什么这么说呢？因为城内有很多大明劳工的后裔啊，更为重要的是，城内还隐藏了很多锦衣卫密探，这些密探可是从数万锦衣卫中挑选出来的高手，暗杀正是他们的训练科目！
有句话叫做”最坚固的城堡，往往是从内部被攻破的。“，不知道这句话是谁说的，也不知道郑成功有没有听说过这句话，但是，他的计划就是从内部攻破巴达维亚。
早在东海舰队和远征军第二军团出发之前，郑成功就给巴达维亚的锦衣卫密探下达了指令，远征军第二军团围城之后第三天晚上子时，不惜一切代价，打开巴达维亚城南门，把远征军第二军团的将士迎进去。
为了迷惑城内的守军，郑成功甚至下令，东海舰队从海上日夜不停轰击巴达维亚城的北面，不要管战舰的损失，不要管效果，就是日夜不停的轰！
所以，东海舰队和远征军第二军团来到巴达维亚之后，都装出准备硬攻的样子，东海舰队是不停的在海面上轮流轰击巴达维亚的北城墙，远征军第二军团的将士也一分为二，在巴达维亚东西两面不停的赶制攻城器械，一切都显得那么的正常，唯一不正常的是，巴达维亚南面城墙一直静悄悄的，无人问津。
巴达维亚的东印度公司守军也不是傻子，他们并没有因为南面城墙无人问津而将城墙上的守军全部撤走，鉴于东西两边的压力比较大，他们只是抽调了部分兵力去东西两面城墙支援，南面城墙上一直保持着千人左右的规模。
但是，人总有疲惫的时候，明军的战舰跟发了疯一样日夜不停的轰击，虽然没把北面的城墙怎么样，甚至还因此被击沉了几艘战舰，但是，城内的守军却始终无法好好休息，那火炮一直都在轰鸣呢，谁知道是战舰上发射的还是攻城部队发射的，万一是攻城部队开始攻城了怎么办？所以，城内的守军晚上都不敢睡的太死，迷迷糊糊被火炮的轰鸣声惊醒那更是常有的事。
这种情况持续了三天之后，城内的守军可以说心身俱疲，基本上是站在那里都能打瞌睡，防守自然是变的松懈无比。
第三天晚上子时，巴达维亚南面城墙外仍然看不到一个人影，城墙上的值守士兵基本上都在抱着枪，靠着墙打瞌睡，数十名锦衣卫密探穿着夜行衣，趁着夜色摸上城墙，他们借着城墙的阴影躲过火把的照明，摸到一个个守城士兵后面，用厚布捂住他们的口鼻，然后就是一刀抹过他们的脖子，动作娴熟无比。
很快，城门楼附近的守卫都被清理的差不多了，就算有人在远处看见也发现不了，因为大家都在靠着城墙睡觉呢，只有走到近前才能发现，地上好多血！
锦衣卫密探就这样有惊无险的打开了南面的城门，将两万隐藏在暗处远征军第二军团的将士无声无息的迎进城内，向各处城墙和棱堡摸去。
这是个屠杀之夜，无数东印度公司的火枪手还在半梦半醒之间就直接被人抹了脖子，虽然最后城内的守军发现了异常，但是，已经晚了，东门和西门都被打开了，所有远征军第二军团的将士都涌进了城内。
十万对几千，那是毫无悬念的碾压，巴达维亚就这样被明军从内部攻破了！